Prototype mang đến cho người chơi một sự phấn khích đặc biệt khi tự mình hóa thân vào Alex bay nhảy trên khắp các con đường đẹp đẽ ở New York bằng tốc độ và sự nhanh nhẹn đến phi thường. Cụ thể, Alex có thể chạy tới 60 dặm/h và có những bước nhảy cao khủng khiếp (sánh ngang với loài ếch, tất nhiên khi so với kích thước nhỏ bé của chúng), anh nhảy từ chiếc ô tô này sang chiếc ô tô ở mãi góc phố phía xa một cách dễ dàng. Tuy vậy vẻ ngoài của Alex trông khá là thanh nhã và thư sinh chứ không giống những gã đột biến quái dị trong một số phim hành động.

Như đã nói, Alex là một kẻ rất nguy hiểm, trong khi “dạo chơi” qua những tòa nhà chọc trời hay những khu đô thị sầm uất, đôi lúc bản tính “quái vật” trong người hắn trỗi dậy và thật đáng thương thay cho những ai là nạn nhân của hắn. Qua một số hình ảnh ban đầu của trò chơi, nhà sản xuất đã đưa vào cả những chi tiết nhỏ nhất như việc những nạn nhân hối hả chạy trốn, kêu la thảm thiết khi bị Alex truy sát. Cả thành phố như rối tung – cảnh tượng dễ bắt gặp trong các bộ phim hành động giả tưởng. Những nạn nhân của Alex sẽ không thể thoát nổi cái chết kinh hoàng. Sau khi giết nạn nhân, Alex sẽ hấp thụ toàn bộ thể xác, DNA, kí ức của nạn nhân thậm chí cả dung mạo và cử chỉ của họ. Nói cách khác, nạn nhân của Alex không chết, họ sống trong cơ thể Alex. Thật kinh khủng!

Theo ý đồ của nhà sản xuất, Alex là một nhân vật chính phản diện đúng nghĩa., hắn ta không phải là người tốt hay đáng yêu gì cả. Đúng hơn, Alex là sản phẩm đáng kinh sợ nhất của một xã hội nhơ bẩn, tha hóa đến cùng cực. Hắn giống với Godzilla – con quái vật đã đi vào lịch sử phim điện ảnh, xuất hiện do sự quá đà của con người trong việc sử dụng vũ khí nguyên tử. Thế nhưng theo nhà sản xuất thì con quái vật ấy lại không được đề cập tới trong danh sách những “nhân vật” cấu thành nên Alex. Radical Ent đã tạo nên Alex từ rất nhiều nhân vật nổi tiếng trong điện ảnh như Darth Maul (gã người Sith trong loạt phim Star War) về sự điên khùng, xấu xa, Travis Bickle (gã lái xe kì quặc trong phim Taxi Driver) về độ quái gở và Hannibal Lecter (phim Sự im lặng của bầy cừu) về sở thích “ăn uống”. Thế nhưng Alex không sử dụng kiếm ánh sáng, cũng không có hàm răng bằng thép, hắn ta sử dụng chính cơ thể mình như là một thứ vũ khí tối thượng, mang dáng dấp của T – 1000 trong phim Kẻ hủy diệt 2.

Alex có thể biến cánh tay mình thành những lưỡi dao sắc bén, xẻ nạn nhân ra làm 2 như người ta cắt một miếng bánh mì, hay thọc đôi tay ấy xuống đất để tạo nên những bàn chông đá hất tung cả một chiếc xe tăng lên không trung. Alex tự bảo vệ mình bằng lớp áo giáp tự phát sinh trên cơ thể, cực kì chắc chắn, càng “ăn” nhiều người, lớp áo này càng dày thêm và những đòn tấn công của Alex sẽ càng mạnh hơn.

Điểm sáng tạo của game càng tăng cao khi nhà sản xuất tiết lộ, không chỉ có phá hủy, Alex còn có thể cướp lấy khí tài của quân đội và tự mình điều khiển. Điều này thể hiện bằng việc Alex nhảy lên một chiếc trực thăng Apache, “ăn” viên phi công, lấy kiến thức điều khiển máy bay của kẻ xấu số và sử dụng được luôn chiếc máy bay một cách thành thạo.

Tìm lại quá khứ bị đánh cắp

Robert Ludlum có những pha hành động mạnh mẽ và dứt khoát ở tốc độ cao. Game của High Moon Studios về cơ bản đã nắm bắt được "cái hồn" của phim.

Hệ thống chiến đấu tay đôi linh hoạt và có chiều sâu của The Bourne Conspiracy trở thành xương sống của game, trong khi những màn bắn súng và môi trường giàu chi tiết là lý do lôi cuốn người chơi tham gia vào "toan tính" của Jason Bourne.

Cốt truyện game theo chân Bourne lao vào những điệp vụ để cố tìm ra quá khứ, kiếm lời giải đáp cho câu hỏi "Tôi là ai?" và "Tại sao những gã được trang bị vũ khí đến tận răng lại liên tục theo đuổi tôi?". Nội dung The Bourne Conspiracy xây dựng xung quanh những tình tiết trong phim The Bourne Identity.

Xen lẫn vào các nhiệm vụ trong trò chơi là nhiều đoạn game quay lại cảnh trong quá khứ trước khi Bourne bị mất trí, khi mà anh không ngần ngại bỏ lại đằng sau thân xác găm đầy đạn của kẻ thù để hoàn thành nhiệm vụ. Việc game sử dụng các đoạn flashback (chơi được) chứ không dùng phim cắt cảnh là yếu tố mà High Moon Studios muốn bù đắp cho những người chơi cảm thấy thiệt thòi vì nhân vật của trò chơi không giống các diễn viên hấp dẫn như Matt Damon và Franka Potente trong phim.

Ưu điểm của The Bourne Conspiracy nằm ở chỗ để nhân vật chiến đấu, bạn không phải vận hành quá phức tạp với tay cầm điều khiển. Người chơi có thể tham gia ngay vào các màn đánh đấm mà không phải bỏ thời gian quan tâm xem sẽ phải nhấn tổ hợp nút nào. Nhân vật có 2 đòn tấn công chính, một mạnh và một nhẹ, đồng thời có thêm tư thế khóa đòn của đối phương. Mỗi chiêu tấn công chỉ là hiệu quả của việc bạn bấm một cho đến 3 phím đánh mạnh, nhẹ liên tục (như vậy sẽ có tất cả 8 chiêu).

Bấm phím thì dễ, nhưng căn giờ để bấm hợp lý mới là vấn đề quan trong. Đối thủ cũng sẽ tấn công dữ dội không thua kém gì bạn. Biết khóa đòn của kẻ thù đúng thời điểm và đánh trả vào mặt hắn là cách tốt nhất để bảo toàn chiến thắng.